Szakemberek szerint az algák a föld leghatékonyabb organizmusai, magas az olajtartalmuk és egyes fajták egy nap alatt akár meg is kétszerezik biomassza tartalmukat. Éppen ezért a második generációs bioüzemanyagok közül ezt tartják a leggazdaságosabbnak és a leghatékonyabbnak.

Ezzel szemben az Egyesült Államok Nemzeti Kutatási Tanácsa úgy véli, az algából előállított bioüzemanyag veszélyezteti a természetes vizeket és a klímát. A Tanács által írt beszámolót az Egyesült Államok Energiaügyi Minisztériuma (DOE) rendelte meg, mivel fenntarthatósági aggályok merültek fel a bioüzemanyaghoz szükséges algák nagyarányú termesztésével kapcsolatban.

Michael Rosenoer, a FOE (Friends of the Earth) bioüzemanyagokkal foglalkozó aktivistája elmondta, az algák előállításához hatalmas mennyiségű vízre van szükség és a cél – általában – olaj gyártása. Ha a szél elfújja az algát a nyíltvízi tenyésztő tartályokból, a keresztszennyeződés korábban sohasem látott méretű olajszennyeződést okozhat a folyókban és az óceánokban.

emellett kiemelték, hogy az algák ismét felvethetik az élelem kontra üzemanyag dilemmát is.. Egyes vállalatok ugyanis cukorral táplálják az algákat, hogy a lehető legnagyobb biomassza hozamot érjék el. Azonban ha az üzemanyagok fejlesztéséhez élelmiszert használnak, azzal az élelmiszerárak emelkedését is kockáztatják.

A Nemzeti Kutatási Tanács adatai szerint alga felhasználása esetén egyetlen liter, a benzinnel azonos értékű bioüzemanyag előállításához 3,15 – 3,65 liter friss vízre lenne szükség.